Forståelse af de genetiske ændringer i tumorer, der kendetegner de mest dødelige kræftformer fra mere godartede dem, der kan hjælpe læger bedre behandle patienter.
I dag, den svenske forskere lancerer en ny open-access catalog, at mange af de genetiske ændringer. Denne “atlas” links tusindvis af specifikke gener, som er involveret i en lang række kræftformer for patienternes overlevelse og afslører også nye potentielle drug targets.
Det nye atlas er en af flere igangværende bestræbelser på at få mening ud af de data der er blevet indsamlet af offentlige databaser—som National Cancer Institute ‘ s Cancer Genom Atlas—der fungerer som depoter for tumor prøver. Målet er at indsamle praktiske oplysninger, som markører for sygdom, der kan bruges til at udvikle cancer medicin og diagnostik.
Til at generere atlas, forskere under ledelse af Mathias Uhlén, en professor i mikrobiologi ved Royal Institute of Technology i Sverige, anvendes en supercomputer til at analysere 17 store typer af menneskelige kræftformer fra næsten 8.000 tumor prøver. Uhlén siger, at hans hold var på udkig efter “holistisk ændringer i genomet, der er forårsaget af disse mutationer.”
Derefter kortlagt alle gener findes i dem, kræft celler til at finde ud af, hvordan proteiner, som disse gener påvirker patientens overlevelse. Gener bære instruktioner for at gøre proteiner, og det niveau af gen-ekspression øger eller nedsætter mængden af protein, der gener at gøre. Disse resulterer proteiner kan dramatisk påvirke biologiske processer, som kræft.
Abonnere på Download
Hvad der er vigtigt inden for teknologi og innovation, der leveres til dig hver dag.
Tilmeld
Tak — tjek venligst din e-mail for at bekræfte dit abonnement.
Forkert e-mail-format
Administrer dine indstillinger for nyhedsbrev
Forskerne observerede, at de niveauer af proteiner i forskellige kræftformer varierede meget, hvilket forstærker behovet for personlig behandling af kræft baseret på de unikke egenskaber af en patients svulst, siger de.
Forskerne fandt, at mere end 2.000 gener havde forskellige konsekvenser på patientens overlevelse afhængig af type kræft og hvor tumor var lokaliseret i kroppen. I nogle tilfælde, gener, der var mere varmt udtryk var forbundet med bedre behandlingsresultater, og andre forudsagt værre udsigter for patienterne. Resultaterne er beskrevet i dag i tidsskriftet Science.
Uhlén og hans team identificeret et andet sæt af mere end 2.000 gener, der potentielt kan dræbe tumor vækst, men siger, at det påvirker de fleste af de mål, med narkotika ville sandsynligvis have alvorlige bivirkninger for patienterne. Af dem, de forudser, 32 gener, der findes i mere end 80 procent af tumorer, uanset hvilken type kræft, repræsenterer narkotika mål.
Tidligere har forskere fokuseret på ved hjælp af DNA-sekventering til at identificere genetiske mutationer, der er involveret i kræft. For at gøre det nye atlas, forskere bruges RNA-sekventering til at forstå, hvordan gener ændres, når de rammes af kræft.
John Leite, vice president i onkologi ved det gen sekventering selskab Illumina, siger masser af biologiske oplysninger, der vil være nødvendige for at forstå de underliggende mekanismer, der driver kræft dannelse og i sidste ende gør det muligt for forskere og læger til at forudsige den bedste behandling valg for patienterne. Det er her, databaser, som den Menneskelige Patologi Atlas kan hjælpe.
Nicolas Robine, assisterende direktør for computational biology på New York Genome Center, siger atlas vil være en nyttig ressource for forskerne, men sagde, at det ikke kan give en endelig, automatiseret svar til læger undrer dig over, hvordan en patient har kræft, vil fremskridt. “Det er ikke som du sætter i dit udtryk profil, og det fortæller dig, om du har en bedre eller dårligere resultat.”
Atlas er en del af en svensk programmet startede i 2003 med det formål at kortlægge alle de menneskelige proteiner, der er lavet af kroppen er omkring 20.000 eller flere gener.