Bilde: Guilherme Tavares/Flickr
Hvert år går vi gjennom de samme bevegelser: Forskere finne ut hva som er den mest vanlig influensa stammene vil være, og forberede en vaksine som best kan beskytte mot det. De som blir vaksinert unngå nye stammer, de som ikke kan bli syk. Men hver så ofte, er en ny type influensa dukker opp som leger er uforberedt til å vaksinere mot. Den slags influensa kan slå inn en pandemi.
Å forutsi hva den pandemiske influensa belastning kan se ut som krever dyp forståelse av influensa-virus. Denne forståelsen går utover hvordan det blir overført, og ned til den genetiske sammensetningen av selve viruset. Et samarbeid mellom laboratorier ved University of Pittsburgh forskere Nara Lee og Seema Lakdawala tok en titt på den form av at viral genom og funnet en uventet arrangement av genetisk materiale som kan kreve noen lærebok omskrivninger, og kan hjelpe modell neste pandemi belastning.
Influensa A-viruset, i vår tidligere forståelse, hadde en ganske enkel struktur: åtte tråder av genetisk materiale (kalles RNA, som ser ut som halvparten av en DNA-tråd, men er litt annerledes) pakket tett og jevnt rundt proteiner. “I noen lærebok, arkitektur vil være en vakker panhandle struktur der RNA er pakket rundt disse perlene,” studie forfatteren Seema Lakdawala fortalte Gizmodo. “Fant vi ut at det er ikke bare perler på en snor.”
Teamet brukte en metode for kartlegging der RNA som binder med proteiner som kalles TREFF-KLIPP, (kort for Høy gjennomstrømning sekvensering av RNA isolert av crosslinking immunoprecipitation), til å velte som lærebok bilde. De fant at virus kan ha løkker av RNA hengende ut som biter av vikles tråden i en genser.
Alt dette høres kanskje ganske esoterisk, men det kan ha viktige implikasjoner for å studere den influensa virus. Selv lik stammer av influensa kan ha ulike ordninger av disse gratis looper, i henhold til papiret som er nylig publisert i tidsskriftet nukleinsyrer Forskning. Ved å studere disse looper kan hjelpe forskerne å forstå hvordan RNA ordner seg selv, og hvordan virus overvinne immun angrep fra sine verter. Det kan også hjelpe forskere til å modellere hvordan influensa recombines og blander genetisk materiale rundt, skaper uventede belastninger som kan føre til pandemier.
Det er et moderne eksempel som burde gjøre alt dette høres mer ekte: 2009 er svineinfluensa pandemi. Lakdawala begynte å studere influensa for National Institutes of Health i 2009, da de trodde de neste influensa pandemi vil komme fra en fugl, ikke en gris. Hun fortalte Gizmodo det er mulig en stamme av influensa-viruset fra Europeiske gris blandet med en annen stamme fra en Amerikansk gris, og det genetiske materialet saman basert på den influensa virus ” strukturer av baller, string og sløyfer, og skaper den pandemi-forårsaker svineinfluensa belastning. “At virus var da i stand til å overføre til en person, og som overfører person til person,” sa hun.
Folk nå se på griser og fugler å se hvor neste belastning kan komme fra. “Kanskje nå gjør vi en bedre jobb med overvåking i grisen,” sa hun, “Men jeg tror vi kunne få overrumplet med en reassortment,” en sanering rundt av genetisk materiale bygger på dette viral genomisk struktur.
Form og funksjon er nært beslektet når det kommer til ting som virus, protein og DNA. En enkel endring i forskernes forståelse av hvordan genetiske materialet er ordnet kan ha en enorm innvirkning på å finne ut hvordan det fungerer. I tilfelle av influensa, at forståelse kan muligens også redde liv.
[Nukleinsyrer Forskning]