Den internationellt konsortium bestående av mer än 50 institutioner, tillkännagav nyligen ett ambitiöst projekt för att samla på hög kvalitet arvsmassans sekvens 66 000 ryggradsdjur över Jorden, bland annat däggdjur, fåglar, kräldjur, groddjur och fiskar. Hela projektet kommer att kosta 600 miljoner dollar, men proportionerna han har, så att säga, i Bibeln.
Förslaget till arvsmassan hos vertebrater (Ryggradsdjur Genom Projektet, VGP) organisera ett konsortium kallat ” Genome 10K, eller G10K. Som namnet antyder, denna grupp hade ursprungligen planerat att sekvensbestämma genomet hos minst 10 000 arter av ryggradsdjur, men nu, tack vare den enorma framgången och minska kostnaderna för teknik för sekvensering av gener, G10K, beslutat att höja insatserna och att sekvensen både hanar och honor av var och en av de cirka 66 000 arter på Jorden.
Hur mycket av jordens arter kan sparas, om du dör 99%?
Skaparna projektet har aviserat en ny beställning under konferensen G10K 2018, som hölls vid Rockefeller University i new York. Projektet kommer att omfatta mer än 150 experter från 50 institutioner och 12 länder.
Tillsammans med tillkännagivandet har infört 14 nya hög-kvalitet genomen av arter som representerar alla fem klasser av ryggradsdjur, inklusive arvsmassan hos stora horseshoe bat, kanadensiska lodjuret, näbbdjur, annas Kolibri, papegoja, kakapo (av vilka det bara fanns 150), sköldpadda i öknen huva, tailed servage (konstigt amfibie som liknar en orm) och anabas. Dessa 14 arvsmassan och andra, som samlats in inom ramen för projektet kommer att finnas tillgängligt för forskare för vetenskaplig forskning.
VGP — det är inte bara sekvensering av djurs arvsmassa. Som human genome-projektet (Human Genome Projekt), detta företag definitivt kommer att inse genombrott i hög-kvalitet-sekvensering och Montering av genomet, vilket kommer att leda till lägre kostnader och minska risken för fel. Projektet kommer också att ta upp viktiga frågor inom biologi och medicin som kommer att vara direkt användbara för studier av evolution, genomik och bevarandebiologi. En komplett katalog av ryggradsdjur av Jordens arter kan fungera som skydd från utrotning hur att förhindra att de dör ut och möjlig återvinning av arter i framtiden.
Oliver Rayer, G10K grundare och Chef för Institutet för bevarande forskning på zoo San Diego, säger att VGP har potential “att förändra alla delar av biologi”. Han anser att forskarna kommer att kunna förstå orsakerna till utrotning, och uppkomsten av skadliga mutationer, inavel och genetiska flaskhalsar. Människor kommer att ha möjlighet att bevara sin biologiska kulturarv.
När G10K lanserades för 10 år sedan, dess medlemmar hade ingen aning om hur mycket tid det skulle ta att sekvensbestämma genomet av tillräcklig kvalitet för att göra vetenskap och var det finns.
“Jag är otroligt glad för att vi nu har på alla knappar för att göra saker rätt, säger David Haussler, G10K grundare och Chef för genomics Institute vid University of California i Santa Cruz. “Nu har vi ingen anledning att inte göra det”.
För att skapa hög kvalitet Montering av genomet, team VGP föredrar den “långa poster”, snarare än kort, det är, när sekvensering teknik som ger långa fragment av genetiska data. För dem skulle det vara lättare att samla in DNA-sekvenser i hela kromosomer. Istället för att arbeta med ett pussel från miljontals separata delar, en lång inspelning kommer att resultera i ett pussel av tusentals sådana.
Dessutom kommer forskarna att avstå från enandet av manliga och kvinnliga kromosomer i en genomet är en gemensam praxis som resulterar i alltför många fel. Istället kommer klubben att samla in så faderliga och moderliga DNA av individer i processen av fasa. Varje art som kommer att samlas in separat och så att arbetet behöver inte upprepas i framtiden.
“Den efterlängtade framsteg i-sekvensering möjligt för DNA-sekvensering är bokstavligen” de novo (från scratch)”, säger forskarna.
Och det är faktiskt inte så länge sedan att det kostar miljontals dollar och det krävs många år att slutföra genomet av ens ett enda djur. Ny sekvenseringsteknik snart kommer att tillåta dig att skapa en hela genomet i en vecka, säger Adam Filippi, som är representant för Församlingen G10K. För närvarande, DNA-sekvensering av en ny typ kostar ca $ 30,000.
Den nya sekvensen av arvsmassan kommer att lagras i databasen Genomet Ark (“Arken”), ett öppet digitalt bibliotek av arvsmassan.
Bra sak du gör? Berätta för oss i vår chatt i Telegram.
Genetiska “Noaks ark” kommer att spara 66 000
Ilya Hel