Det internationale konsortium bestående af mere end 50 institutioner, der for nylig meddelte, et ambitiøst projekt til at indsamle høj kvalitet genomsekvens 66 000 vertebrater over hele Jorden, herunder pattedyr, fugle, krybdyr, padder og fisk. Det samlede projekt vil koste $ 600 millioner, men de proportioner, han har, så at sige, af Bibelen.
Udkast til genomer af vertebrater (Hvirveldyr, og det humane genom Projekt, VGP) organisere et konsortium kaldet Genomet 10K, eller G10K. Som navnet antyder, er denne gruppe var oprindeligt planlagt til at sekvens genomer på mindst 10.000 arter af hvirveldyr, men nu, takket være den store succes og reducere omkostningerne af teknologier for sekventering af gener, G10K, har besluttet at øge indsatsen og sekvens både hanner og hunner af hver af de cirka 66 000 arter på Jorden.
Hvor meget af jordens arter kan blive frelst, hvis du dør 99%?
Skaberne projektet har annonceret en ny ordre i løbet af konferencen G10K 2018, som blev afholdt ved Rockefeller University i new York. Projektet vil omfatte mere end 150 eksperter fra 50 institutioner og 12 lande.
Sammen med annonceringen har indført 14 nye høj kvalitet og forekomst af arter, der repræsenterer alle fem klasser af hvirveldyr, herunder forekomst af store horseshoe bat, canadiske los, næbdyr, Anna Kolibri, papegøje, kakapo (som der var kun 150), turtle af ørkenen hood, tailed servage (mærkeligt padder, der ligner en slange) og anabas. Disse 14 genomer, og andre, der er indsamlet i forbindelse med projektet, der vil være til rådighed for forskere med henblik på forskning.
VGP — det er ikke bare sekventering af dyrs genomer. Da det menneskelige genom-projektet (Human Genome Project), dette selskab vil helt sikkert indse gennembrud i høj kvalitet, sekventering og Montage af genomet, som vil føre til lavere omkostninger og reducere fejl. Projektet vil også kunne løse vigtige spørgsmål inden for biologi og medicin, der vil være umiddelbart anvendelige for studiet af evolution, genetik og conservation biology. Et komplet katalog af hvirveldyr af Jordens arter, der kunne tjene som beskyttelse mod udryddelse, hvordan for at forhindre udryddelse, og det er muligt, at arten i fremtiden.
Oliver Rayer, G10K co-grundlægger og Direktør for Institut for bevaring forskning i zoo San Diego, siger, at VGP har potentiale til at omdanne alle områder af biologi”. Han mener, at forskerne vil være i stand til at forstå årsagerne, for at uddø, og fremkomsten af skadelige mutationer, indavl og genetisk flaskehalse. Folk vil have mulighed for at bevare deres biologiske arv.
Når G10K blev lanceret for 10 år siden, dets medlemmer havde ingen idé om, hvor meget tid det ville tage at sekvens genomer af en tilstrækkelig kvalitet til at gøre videnskab og det var til rådighed.
“Jeg er utrolig spændt på, fordi vi nu har alle de redskaber, til at gøre tingene rigtigt,” siger David Haussler, G10K medstifter og Direktør for genomics Institute på University of California i Santa Cruz. “Nu har vi ingen grund til ikke at gøre det”.
For at oprette høj kvalitet, til Samling af genomet, holdet VGP foretrækker den “lange plader”, snarere end kort, det er, når sequencing teknologier producere lange fragmenter af genetiske data. For dem ville det være lettere at indsamle DNA-sekvenser i hele kromosomer. I stedet for at arbejde med et puslespil fra millioner af separate stykker, en lang optagelse vil resultere i et puslespil af tusindvis af sådanne.
Hertil kommer, at forskerne vil afstå fra foreningen af det mandlige og det kvindelige kromosomer i et genom er en fælles praksis, der resulterer i, at alt for mange fejl. I stedet holdet vil indsamle som fædrene og mødrene DNA af fysiske personer i færd med indfasning. Hver art vil blive indsamlet særskilt og således, at arbejdet ikke behøver at blive gentaget i fremtiden.
“Den længe ventede fremskridt inden for sekventering mulighed for DNA-sekventering er bogstaveligt talt “de novo” (fra bunden)”, siger forskere.
Og ja, for ikke så længe siden, at det koster millioner af dollars og krævede mange år, komplet genom af blot et enkelt dyr. Nye sequencing teknologier vil snart give dig mulighed for at skabe et helt genom i en uge, siger Adam Filippi, repræsentant i Forsamlingen G10K. I øjeblikket, DNA-sekventering af en ny type koster omkring $ 30,000.
Den nye sekvens af genomer vil blive gemt i databasen Genom Ark (“Ark”), en åben digitale bibliotek af genomer.
God ting du laver? Fortæl os i vores chat i Telegrammet.
Genetiske “Noah’ s ark” vil spare 66 000
Ilya Hel